Le 15 juin 1988, la population du Karabagh vote en faveur du rattachement de la région à l'Arménie. Mais le 12 janvier 1989, alors que les escarmouches frontalières continuent sans cesse, le Soviet Suprême dote le Karabagh d'un statut particulier : la région est dorénavant administrée par un conseil, composé de 5 russes, 3 arméniens, et 1 azéri, et les organes locaux du Parti et des Soviets sont suspendus. Cette solution ne satisfait personne. Arméniens et Azéris s'arment, la région se transforme en un vaste camp retranché et les combats font rage.
Le 16 août 1989, les anciens membres du soviet arménien, limogés en janvier, se constituent en Conseil National, et se proclament unique pouvoir représentatif. Moscou tente vainement, d'imposer son administration mais de nombreuses instances locales ne reconnaissent plus que le Conseil National.
Le 28 novembre 1989, Moscou reconnait le conseil National mais le replace dans son contexte initial, Soviet Arménien et maintient le Karabagh au sein de l'Azerbaïjian. Il demande en outre à Bakou (capital de l'AzerbaIjian) d'augmenter l'autonomie de la région. Une fois de plus, ni arméniens ni azeris ne sont satisfaits de ce nouvel état des choses.
Le 25 décembre 1899, nouvelle explosion de violence à la suite de l'incendie d'une église. Les villages frontaliers et les quartiers arméniens des villes d'Azerbaïjian sont attaqués, les homme tués ou mutilés, les femmes violées, les maisons pillées. Près de 500 000 arméniens vivant en territoire azeri quittent le pays en catastrophe. De peur de représaille, environ 200 000 azéris vivant en Arménie et au Karabagh en font de même.
Le 20 janvier 1989 le Soviet Suprême déclare l'état d'urgence et déploie ses troupes prenant parti pris pour l'Azerbaïjian. Elle décrète la loi martiale uniquement au Karabagh et arrête les responsables du Conseil National arménien. Elle tire sur le cortège d'une manifestation à Stepanakert (capitale du Karabagh). Environ 5 à 6 000 hommes rejoignent les rangs d'une armée nationale arménienne, non reconnue par le Soviet Suprême. C'est une armée sans arme qui se bat pour défendre sa terre et son peuple. Le 31 janvier 1990, pour la première fois Arméniens et Azéris entament des pourparlers sans user de la médiation de Moscou mais ils avortent en mi février.
Le 30 août 1991 l'Azerbaïdjan proclame son indépendance. Dès le 3 septembre le Soviet du Karabagh proclame l'indépendance de la République du Haut-Karabakh et organise des élections parlementaires. Cette proclamation est totalement légale puisque les dispositions de la loi soviétique spécifient, qu'en cas de sécession d'une république fédérale de l'URSS, les régions autonomes de cette république avaient le droit de se séparer à leur tour. L'Azerbaïdjan ne reconnait pas l'indépendance du Karabagh. Alors que les combats se poursuivent, toujours aussi violemment, en décembre 1992 le Karabagh organise un référendum qui obtient 99% de "oui". Sur cette base le Parlement adopte la Déclaration d'Indépendance : la République du Haut Karabagh est née.
Courant 92, l'"Armée de Défense" du Karabagh, après de très violents combats, brise le blocus azéri et réussit à créer un couloir entre le Karabagh et l'Arménie (couloir de Lachine) ouvrant ainsi le Karabagh sur l'Arménie et le monde. L'Azerbaïjian intensifie ses attaques contre la population civile et envahit le nord du Karabagh. Courant 93, l'armée du Karabagh qui s'est aguerri repousse les troupes de Bakou et prend possession de villes azeris tout autour de la frontière au nom d'une politique d'auto-défense.
En mai 94 un cessez le feu est établi et met fin à cette terrible guerre qui a fait plus de 20 000 morts et 1 millions de réfugiés de part et d'autre. En décembre 94, le parlement ratifie la création de la fonction de Président de la République du Haut Karabagh.
Bien que le gouvernement du Haut Karabagh ait fait tout son possible, à ce jour ce pays n'est toujours pas reconnu par les instances internationales.
De nombreuses propositions de paix ont été élaborées, notamment par l'OSCE, mais elles ont été tour à tour refusées par l'Arménie ou le Haut Karabagh ou l'Azerbaïjian. Les troupes du Karabagh occupent toujours une partie du territoire azéri. Les autorités du Karabagh affirment que le cessez-le-feu tient principalement à l'équilibre militaire existant, et qu'en cas de retrait des régions occupées, cet équilibre serait rompu et le Haut-Karabagh serait à la merci de l'Azerbaïdjan, qui n'hésiterait pas à le soumettre par la force. Il n'envisage donc de retrait qu'en cas de signature d'une paix ferme et définitive.